Al di sopra della cripta della chiesa di Santa Maria e Santo Stefano, corrispondente alla sola navata centrale, vi era un transetto rialzato. Durante il lavoro di ricostruzione in 3D si è posto il problema di capire la collocazione delle scale che, dal piano di calpestio della chiesa, scendevano verso la cripta e di quelle che permettevano di salire sulla parte rialzata del presbiterio. La chiesa di Santa Maria Assunta di Badia Prataglia (presso Poppi),e quella della Pieve di Santa Maria di Arezzo sono le uniche due nell'aretino che possiedono oltre alla cripta un transetto rialzato. Come soluzione si è scelto di prendere spunto dalla chiesa di Badia Prataglia, posizionata sugli Appennini a un passo dal confine con l'Emilia. Secondo Fabio Gabbrielli questa chiesa non è anteriore al XII secolo. E' un fatto però che la chiesa di Badia Prataglia, anticamente appartenente a un monastero camaldolese, sia stata consacrata nel 1008 dal vescovo Elemperto, lo stesso che nel 1009 consacrò la nostra chiesa di Santa Maria e Santo Stefano. Dunque la chiesa di Prataglia e quella sul Pionta rientrano molto probabilmente nella politica avviata dei vescovi aretini all'inizio dell'XI secolo che trovò espressione nella costruzione o ricostruzione di numerose chiese nel territorio aretino. L'attuale chiesa potrebbe conservare tratti stilistici e forme di quella precedente, a tre navate, per la quale qualche affinità con la nostra è lecito ipotizzare. Ad ogni modo il presbiterio di questa chiesa è stato utilizzato nella ricostruzione ideale della chiesa di Santa Maria e Santo Stefano. Questa soluzione è stata adottata sebbene l'accesso alla cripta si sarebbe dovuto posizionare dal lato della navata sinistra (come si evince dai tre scalini rinvenuti tra i resti archeologici della cripta >>). Per creare un'immagine coerente a quella della chiesa di Badia Prataglia si è ipotizzato la presenza di un pianerottolo e di una curva di novanta gradi della scalinata che permette di posizionare l'accesso alla cripta dalla parte della navata centrale. (Per una visualizzazione grafica, clicca sul link sopra, Riproduzioni fotografiche, piante) D'altronde l'immagine che risulta adottando questa soluzione (con l'accesso alla cripta di fronte alla contro-facciata realizzato per mezzo di un arco a tutto sesto) è anche simile a quella della Pieve di Santa Maria di Arezzo, nella quale l'accesso all'ampio sotterraneo è possibile attraversando uno degli archi a tutto sesto posti anch'essi di fronte all'entrata della chiesa. Vale forse la pena di aggiungere qualche informazione sull'oratorio seicentesco di Santo Stefano >>. L'architetto di questa chiesa ha voluto conservare l'accesso alla cripta di fronte alla contro-facciata e per fare ciò ha dovuto far compiere alle scale che scendono alla cripta una curva di 180 gradi (Vedi la pianta cliccando il link sopra).
A.SCARINI, Chiese romaniche del Casentino, Cortona, Calosci, 1973
F.GABBRIELLI, Romanico aretino, Firenze, Salimbeni, 1990, pagg. 97-100, 138-139, 187
A.TAFI, La Pieve di S. Maria in Arezzo, Cortona, Calosci, 1994