Durante i lavori di ricostruzione della chiesa avvenuti nell'XI secolo l'orientamento dell'edificio fu modificato da N-W/S-E a quello canonico E-W. Le evidenze archeologiche/materiali dimostrano che durante questi lavori le absidi vennero ricostruite o ristrutturate secondo il nuovo orientamento. L'abside nord che si può osservare tra le fondamenta della chiesa risale alle fasi più antiche (VIII- IX secolo), ma la foderatura interna è stata rimodellata nell'XI secolo per conferire, come si è detto, l'orientamento E-W. L'intero abside maggiore venne invece ricostruito nello stesso periodo. Dell'abside sud rimane unicamente un piccolo lembo. Le absidi minori dovevano essere poco evidenziate all'esterno e all'interno dovevano sembrare delle nicchie o cappelle più che delle vere e proprie absidi.
C.TRISTANO, A.MOLINARI (a cura di), Arezzo: il Pionta. Fonti e materiali dall'età classica all'età moderna, Arezzo, Rotary Club, 2005, pag. 127 e segg.